ANALYSE IN SILICO DE SEQUENCES GENOMIQUES

MARSEILLE, 17-28 JUILLET 2000

(illustration CNRS, Michel /Westhof)

Présentation:

Avec l'accélération du séquençage du génome humain et d'un grand nombre d'organismes vivants, se pose la question de l'exploitation des énormes quantités d'information contenues dans les bases de données. Pour répondre aux défis de l'analyse des séquences génomiques que constituent notamment la recherche des gènes, la localisation des parties codantes et la prédiction de leurs fonctions, la fertilisation croisée entre biologistes, informaticiens, mathématiciens et physiciens est nécessaire. Ainsi le développement de la génétique moléculaire est inséparable du développement de la bioinformatique qui intervient dans l'acquisition, l'exploitation et la gestion des données. Des modèles et des méthodes mathématiques de plus en plus sophistiqués sont utilisés pour l'analyse des séquences. L'étude de la corrélation entre la séquence des protéines et leur structure spatiale (le repliement des protéines) fait également appel à la physique.

Cette école d'été se veut interdisciplinaire. Son objectif essentiel est de fournir aux participants des connaissances communes en biologie moléculaire, en mathématiques et en bio-informatique (essentiellement en première semaine par des cours fondamentaux) afin de favoriser l'émergence de de travaux et d'équipes pluridisciplinaires en génomique. Durant la deuxième semaine le programme de cours sera allégé (tout en comportant néanmoins quelques cours plus spécialisés) et l'approfondissement des notions de base acquises au début de l'école se fera par la mise en place de groupes de travail et d'ateliers. De plus des séminaires permettront d'exposer les problèmes d'actualité auxquels sont confrontés les biologistes, avec pour objectif l'émergence d'idées nouvelles pour l'analyse des génomes.

L'Ecole s'adresse en priorité à de jeunes chercheurs et enseignant chercheurs en mathématiques, physique, informatique et bioinformatique, ainsi qu'à des ingénieurs de recherches concernés par le sujet. Elle est également ouverte à des biologistes non spécialistes. Elle s'adresse en particulier aux doctorants et post-docs, pour lesquels des séances d'information plus spécifiques seront organisées.

La participation à l'école ne suppose que des pré-requis élémentaires en biologie puisqu'elle se propose de réaliser la mise à niveau nécessaire. Les connaissances nécessaires en mathématiques sont essentiellement des bases de statistiques et de probabilités.

Organisation de l'école:

L'école se tiendra durant la deuxième quinzaine de Juillet (avec une interruption durant le week-end). Les séances sont prévues en matinée et en deuxième partie d'après midi, afin de laisser du temps libre pour des séminaires, discussions, collaborations...

L'école sera articulée autour de cours de base, cours plus spécialisés et séminaires, et des séances plus pratiques (travail sur ordinateur).
La liste des cours est détaillée ci-dessous (voir aussi les résumés des interventions., et le programme préliminaire.). Le programme des séminaires (donnés par les conférenciers, et les participants plus généralement) sera mis au point pendant l'école. Des moyens informatiques seront mis à disposition des participants, notamment dans le cadre des travaux pratiques prévus au programme.
Des interventions sur des thèmes d'intéret plus général (l'évolution du sujet, les grands projets internationaux, les métiers liés à la génomique,...) sont également prévues. Enfin, des séances plus spécialement destinées aux doctorants et aux post-docs seront organisées ( Appel à communications ).

Intervenants et programme préliminaire

Jean-Michel CLAVERIE (Information Génétique et Structurale, CNRS Marseille) : Analyse des séquences
Maxime CROCHEMORE (Institut Gaspard Monge, Université de Marne-La-Vallée). Détection de motifs; alignement
Vincent CROQUETTE (Laboratoire de Physique Statistique, ENS Paris): Micromanipulation de l'ADN
Pierre DARLU (Génétique épidémiologique et structures des populations humaines, INSERM): Phylogénie
Andreas DRESS (Département de Mathématiques, Université de Bielefeld): Phylogénie
Jacques HAIECH (Laboratoire de Biophysique, Université Louis Pasteur, Strasbourg): Biologie moléculaire: Fonctions
Rémi HOULGATTE (TAGC, Centre d'Immunologie de Marseille Luminy): Le transcriptome
Bertrand JORDAN (TAGC, Centre d'Immunologie de Marseille Luminy): Le programme génome, la génomique et ses perspectives:
Bernard JACQ (LGPD Marseille): Biologie moléculaire: L'unité du vivant
Jacques JOYARD (CEA Saclay): Le protéome
François KEPES (ATGC, La Génopole, Evry): Biologie moléculaire: Structure de la cellule
Andrzej KONOPKA (BioLingua Research Inc. Gaithersburg, USA): Méthodes symboliques
Albert LIBCHABER (The Rockefeller University, New York, USA, and NEC Institute, Princeton, New Jersey, USA) : DNA mode d'emploi
Bernard PRUM (La Génopole, Evry): Modèles probabilistes
François RECHENMANN (INRIA Grenoble): La modélisation informatique des connaissances biologiques
Jean-Loup RISLER (Génome et Informatique, Université de Versailles-Saint Quentin): Biologie moléculaire: Structures
Pierre ROUZE (Department of Plant Genetics, Université de Gand): Annotation des séquences
Nicholas SOCCI (Center for Studies in Physics and Biology, Rockefeller University, New York) : Measuring and interpreting expression levels

Résumés des interventions.

Programme préliminaire.

appel à communications .

Comité Scientifique

       A. Arneodo (Centre de Recherches Paul Pascal, Bordeaux)
       M. Crochemore (Institut Gaspard Monge, Université de Marne-La-Vallée)
       A. Henaut (Génome et Informatique, Université de Versailles-Saint Quentin)
       B. Prum (La Génopole, Evry)
      J.L. Risler (Génome et Informatique, Université de Versailles-Saint Quentin)

Comité d'organisation local

        P. Chiappetta (Centre de Physique Théorique, Marseille)
        A. Grossmann (Centre de Physique Théorique, Marseille)
        R. Houlgatte (TAGC, Centre d'Immunologie de Marseille Luminy)
        B. Jacq (Laboratoire de Génétique et de Biologie du Développement, Marseille)
        B. Mossé (Institut de Mathématiques de Luminy)
        L. Mouchard (ABISS, Universite de Rouen)
        E. Pardoux (Laboratoire d'Analyse, Topologie et Probabilités, Marseille)
        E. Rivals (LIRMM, Montpellier)
        B. Torrésani (Laboratoire d'Analyse, Topologie et Probabilités, Marseille)

Lieu et hébergement

L'école se tiendra sur le campus de la Faculté des Sciences de Luminy. Le CIRM (Centre International de Rencontres Mathématiques), et le CFML (Centre de Formation de Marseille-Luminy) assurent l'hébergement de la majorité des participants, ainsi que la restauration. Les cours auront lieu dans le grand amphithéatre de l' ESIL (Ecole Supérieure d'Ingénieurs de Luminy), situé à proximité du CIRM et du CFML, et les sénces pratiques sur ordinateur dans les salles informatiques de la Faculté des Sciences de Luminy.

Le centre de formation de Marseille-Luminy

Le CIRM et le CFML sont situés sur le campus de Luminy (à proximité des calanques de Marseille), accessible en voiture à partir du centre-ville en prenant la route de Cassis, et en bus/metro par le bus 21 (voir le plan d'accès ; voir aussi le plan). Le CIRM et le CFML sont situés sur le campus de la faculté des sciences, à droite en montant le long de l'allée principale (voir le plan du campus ). L'ESIL est situé à gauche de cette même allée. Le CIRM et plusieurs laboratoires situés sur le campus possèdent des bibliothèques scientifiques très complètes.

Inscription

Les inscriptions sont maintenant closes. Pour des raisons pratiques, le nombre de participants a été limité à 80. Cependant, les capacités de l'amphithéatre font que l'entrée sera libre. Les séances pratiques sur ordinateurs seront quant à elles réservées aux participants inscrits.

Les frais d'hébergement et de restauration sont pris en charge par l'école, dans les limites des crédits alloués par la formation permanente du CNRS et le MENRT. Il n'y a pas de frais d'inscription.

Les participants intéressés à soumettre un résumé pour un séminaire durant la deuxième semaine peuvent se référer à l' appel à communications .