Groupe de travail Evolution

Groupe de travail Evolution - Phylogénie
Programmes des années 2005-2008

Pierre Pontarotti ( E.A. Evolution Biologique,Université de Provence) et
Etienne Pardoux, (LATP ,Université de Provence), organisent,
tous les lundis, un groupe de travail entre Mathématiciens et Biologistes.
Ce groupe de travail porte sur la biologie évolutioniste et comparative, ainsi que sur la phylogénie.
Il se tient au Centre Saint-Charles, Salle CH301 (située sous l'Amphi de Chimie).

Tout scientifique intéressé est le bienvenu et peut être invité à présenter une conférence.

Pour tout renseignement complémentaire,
vous pouvez contacter: Pierre Pontarotti ou Etienne Pardoux

Juillet 2008
Mercredi 2 juillet 11h00-- Saint-Charles Salle CH301	Vicky Merhej, , Unité des Ricketsies Genome evolution of intracellular bacteria.

Juin 2008
Mercredi 25 juin	Pas de séance
Mercredi 18 juin 11h00-- Saint-Charles Salle CH301	Kalliopi Georgiades, EBM Identification de séquences non codantes conservées entre vertébrés et céphalocordés.
Lundi 9 juin 11h00-- Saint-Charles Salle CH301	Alessandra Carbone, Equipe de génomique analytique, INSERM U511 Analyse statistique des génomes et détection de coeurs fonctionnels génomiques: une application à la synthèse des génomes.
Mercredi 4 juin 11h00-- Saint-Charles Salle CH301	Elodie Darbo, EBM Histoire évolutive du protéome humain..

Mai 2008
Mercredi 28 mai 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Etienne Pardoux LATP Quelques résultats sur le graphe de recombinaison ancestral.
Lundi 19 mai	SEANCE ANNULEE *Alessandra Carbone* Génomique Analytique INSERM U511 Paris 6 Analyse statistique des génomes et détection de coeurs fonctionnels génomiques: une application à la synthèse des génomes.
Mercredi 14 mai	SEANCE ANNULEE Pierre Pontarotti, LATP-EMB Mapping human genetic ancestry, d'après Ebersberger et all., Mol Biol Evol. 2007 Oct;24(10):2266-76.Résumé.
Mercredi 7 mai 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Serge Champion, Labo. de biologie cellulaire, UPRESA 6032 Evolution des gènes impliqués dans la polarité cellulaire.

Avril 2008
Lundi 28 avril 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Yoichiro Nakatani, Dep. Comput. Biol., Tokyo Reconstruction du génome de l'ancêtre commun à tous les vertébrés.
Mercredi 23 avril	Pas de séance
Mercredi 16 avril	Pas de séance
Mercredi 9 avril 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti (EBM,LATP) Suite de l'exposé précédent.
Mercredi 2 avril 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti, (équipe EBM, LATP) Biais de modèles et détection de la sélection positive.

Mars 2008
Mercredi 26 mars 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Elodie Darbo, (EBM LATP) Définition des événements génétiques. Georgiades Kalliopi, (EBM LATP) Analyse des séquences conservées non codantes.
Mercredi 19 mars 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Gilles Didier, (IML) Modèles de séquences.
Mercredi 12 mars 10h30- Saint-Charles Salle CH301	Alex Baumel (IMEP) Titre à préciser.
Mercredi 5 mars 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti, (EBM,LATP) Le point sur les duplications.

Février 2008
Mercredi 27 février 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Andreas Aravena (LMBG, Santiago du Chili) Présentation des activités de son laboratoire.
Mercredi 20 février 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pas de séance.
Mercredi 13 février 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pascal Rihet (Laboratoire d'Immunogénétique du Paludisme) Prédisposition génétique du paludisme: des souris et des hommes.
Mercredi 6 février 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pudlo (Institut de Mathématiques et de Modélisation de Montpellier) Approximation d'une semi-chaîne de Markov cachée par une chaîne de Markov cachée

Janvier 2008
Mercredi 30 janvier 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Simona Grusea, (LATP, équipes de probabilités et EBM) Retour de Cambridge
Mercredis 16 et 23 janvier 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pas de séance
Mercredi 9 janvier 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Christine Brun,, IDBM (UMR 6216) Analyse bioinformatique des réseaux d'interactions protéine-protéine

Décembre 2007
Mercredi 19 décembre 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Stéphanie Léocard et Pierre Pontarotti, (EMB, LATP) Méthode bayésienne pour la détection des transferts horizontaux
Mercredi 12 décembre 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pas de séance Tous les participants au groupe de travail sont invités à écouter le docteur Bernard Swynghedauw jeudi 13 décembre à 18h (annonce jointe)
Mercredi 5 décembre 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Eric Faure, (EMB, LATP) Analyse du transcriptome du chaetognate

Novembre 2007
Mercredi 28 novembre 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti, (équipe "Evolution Biologique et Modélisation" du LATP) Devenir des régions génomiques après polyploidisation. L'exposé s'appuiera entre autres sur l'article de Brian C. Thomas et al
Mercredi 21 novembre 11h00- Saint-Charles Salle CH301	Mathias Gauduchon, LMGEM (COM) Co-évolution du mutualisme et exploitation.
EXCEPTIONNELLEMENT Jeudi 15 novembre 14h00- Saint-Charles Salle CH55	Abi Rached (Stanford University) Killer cell Immunoglobulin-like Receptor (KIR) diversification in primates.
Mercredi 7 novembre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Elodie Darbo (MEG) Natural history and evolutionary principles of gene duplication in fungi.

Octobre 2007
Mercredi 31 octobre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Virginie Lopez (MEG) Méthodes alternatives pour la reconstruction de génomes ancestraux.
Mercredi 24 octobre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Pas de séance
Mercredi 17 octobre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti Détection de la sélection positive par analyse de la structure des haplotypes, d'après Sabeti et al. Nature 2002.
Mercredi 10 octobre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti La sélection positive est-elle liée à un changement fonctionnel ?
Mercredi 3 octobre 11h00-12h00 Saint-Charles Salle CH301	Pas de séance

Septembre 2007
Mercredi 26 septembre 11h00-- Saint-Charles Salle CH301	Judith Miller, Georgetown Univ. à Washington DC Linked selected and neutral loci in heterogeneous environment.

Juillet 2007
Lundi 16 juillet 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Clément Fabre, ENS Cachan Processus du plus récent ancêtre commun, applications à la génétique des populations.
Lundi 9 juillet 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	A préciser
Lundi 2 juillet 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Laure Rigal, LATP et MEG Peak shift driven by selection.

Juin 2007
Lundi 25 juin 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Elodie Darbo, MEG Duplications en bloc et sélection positive.
Lundi 18 juin 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Julien Frézard , LATP et MEG Algorithmes de reconstruction de génomes ancestraux.
Lundi 11 juin 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Hiroyuki Ogata, IGS, Marseille Titre à préciser.
Lundi 4 juin 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Nicolas Lartillot, LIRMM, Montpellier Modèles Bayésiens non-paramétriques pour la phylogénie moléculaire. résumé
Mai 2007
Lundi 21 mai 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Vicky Merhej, Unité des Rickettsies, UMR 6020 Polygenomic approach to highlight evolutionary specificities of specialized bacteria.
Lundi 14 mai 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti , (EA MEG) Mechanisms and consequences of gen(ome) duplications on biological "evolution" : environmental and intrinsic drive -part 2.
Lundi 7 mai 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Pierre Pontarotti , (EA MEG) Mechanisms and consequences of gen(ome) duplications on biological "evolution" : environmental and intrinsic drive -part 1.
Avril 2007
Lundis 9, 16, 23 et 30 avril	Pas de séance.
Lundi 2 avril 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Gilles Didier, IML Computational mapping of genomes. résumé
Mars 2007
Lundi 26 mars	Pas de séminaire, réunion MAEV à Grenoble.
Lundi 19 mars 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Virginie Lopez CASSIOPE.
Lundi 12 mars 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Laure Rigal The probability of preservation of a newly arisen gene duplicate, d'après Lynch et al.
Lundi 5 mars 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Stéphanie Léocard (LATP et EA Evolution Biologique) Approximation des généalogies pour des sites neutres partiellement liés sous selective sweep

Février 2007
Lundi 26 février	Pas de groupe de travail
Lundi 19 février 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Simona Grusea (LATP et EA Evolution Biologique) Test statistique pour des régions génomiques conservées.
Lundi 12 février 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Vicky Merhej (Unité des Rickettsies, UMR 6020) Evolution réductive convergente des génomes des bactéries parasites et endosymbiontes.
Lundi 5 février 11h30-12h30 Saint-Charles Salle CH301	Olivier Chabrol (EA Evolution Biologique) Présentation de la plateforme Figenix.

Janvier 2007
Lundi 29 janvier	Pas de groupe de travail, Journée du projet ANR MAEV, à Paris
Lundi 22 janvier 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Cédric Notredame (EA Evolution Biologique), The iRMSD: a local measure of sequence alignment accuracy using structural information. résumé
Lundi 15 janvier 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Etienne Pardoux (LATP et EA Evolution Biologique) La géométrie de l'estimation en Phylogénie, d'après J. Kim : Slicing hyperdimensional oranges : the geometry of phylogenetic estimation, Mol. Phyl. Evol. 17, 58-75, 2000. kim.pdf
Lundi 8 janvier 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Pierre Pontarotti (Evolution Biologique) Devenir des gènes après duplication (suite de l'exposé du 4 décembre)

Décembre 2006
18 décembre	Pas de groupe de travail, Journée du projet ANR MAEV, Journée du projet ANR MAEV
11 décembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Anthony Levasseur (Evolution Biologique) Titre à préciser
4 décembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Pierre Pontarotti (Evolution Biologique) Devenir des gènes après duplication, adapté librement de l'article : Michael Lynch, Martin O'Hely, Bruce Walsh, and Allan Force, The Probability of Preservation of a Newly Arisen Gene Duplicate, Genetics, 2001, 159: 1789-1804.

Novembre 2006
Lundi 27 novembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	S. Grusea (LATP) Quelques résultats sur les problèmes des méthodes bayésiennes pour la reconstruction phylogénétique en cas de mélange d'arbres, d'après Vigoda, Mossel, Stefankovic et al.
Lundi 20 novembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	S. Holmes (Stanford- Nice) Multivariate Statistics on Graphs and Networks. résumé .
Lundi 13 novembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	E. Pardoux (LATP) Modélisation des transferts horizontaux de gènes, d'après Marc Suchard. Suchard-Genetics-HGT.pdf .
Lundi 6 novembre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Susan Holmes (Stanford-Nice) Using distances between trees to study collections of trees.

Octobre 2006
Lundi 30 octobre 11h30 Saint-Charles, salle CH301	Cédric Notredame T-Coffee (suite et fin)
Lundi 23 octobre	RELACHE
Lundi 16 octobre 14h00 Saint-Charles, salle CH301	Cédric Notredame T-Coffee: principe et application des méthodes basées sur l'utilisation de la consistance en alignement de séquence (suite)
Lundi 9 octobre 14h00 Saint-Charles, salle CH301	Laure Rigal (LATP) Un modèle de mutation-sélection pour la phylogénie.
Mercredi 4 octobre 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Cédric Notredame T-Coffee: principe et application des méthodes basées sur l'utilisation de la consistance en alignement de séquence

Septembre 2006
Mercredi 27 septembre 10h00 Saint-Charles, salle CH301	E. Pardoux PhyloHMM, d'après A. Siepel et D. Haussler.

Juin 2006
Mercredi 21 juin 10h00 Saint-Charles, salle CH301	Aurélie Muller, Cemagref, Lyon Analyse du comportement asymptotique de la distribution des pluies extrêmes en France.
Mercredi 21 juin 11h15 Saint-Charles, salle CH301	David Robelin , Laboratoire TIMC, Grenoble Application du score local et des scan statistiques à la détection de segments inversés dans les génomes.
Mercredi 14 juin 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Clément Fabre Méthodes bayésiennes en Phylogénie

Mai 2006
Mercredi 31 mai 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Virginie Lopez Un état des lieux sur la reconstruction des génomes
Mercredi 24 mai 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Pierre Pudlo Grandes déviations précises sur des modèles markoviens de l'ADN et détection de mots exceptionnels
Mercredi 17 mai 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Etienne Pardoux Modèles d'évolution et vraisemblance
Mercredi 10 mai 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Pierre Pontarotti Figenix, annotation des génomes et phylogénie.(suite)
Mercredi 3 mai 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Pierre Pontarotti Figenix, annotation des génomes et phylogénie.

Avril 2006
Mercredi 12 avril 11h00 Saint-Charles, salle CH301	Vlada Limic (LATP) NK model. LeeNKFL.pdf
Mercredi 5 avril 11h00. Saint-Charles, salle CH301	Julien Berestycki (LATP) Formules asymptotiques pour le spectre des fréquences alléliques de populations à très forte variance reproductive. abstract

Mars 2006
Mercredi 29 mars 11h00. Saint-Charles, salle CH301	Morgane Odabachian Etude des migrations et de la division des populations: utilisation de l'indice de fixation :FST FST.pdf .
Mercredi 22 mars 11h00. Saint-Charles, salle CH301 3ème étage du Bâtiment de Chimie.	Pierre Pontarotti exposera l'article de Murphy et al. ci-attaché murphy.pdf .
Mercredi 15 mars EXCEPTIONNELLEMENT à 11h30. Saint-Charles, salle CH57.	Amaury Lambert (Laboratoire d'Ecologie de l'E.N.S.) Dynamique évolutive des populations auto-régulées.
Mercredi 8 mars 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Morgane Odabachian exposera l'article de : Badelt HJ, Forster P, Sykes BC, Richards MB Mitochondrial portraits of human populations using median networks, Genetics 1995 Oct. 141(2), 743-753. .pdf
Mercredi 1er mars 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Etienne Pardoux Genome Rearrangements, chapitre 5 du livre: Deonier, Tavaré, Waterman : Computational Genome Analysis, Springer 2005.

Février 2006
Mercredi 22 février	RELACHE
Mercredi 15 février 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Pierre Pontarotti Exposé sur le Chapitre 8 de Hein et al.
Mercredi 8 février 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Pierre Pontarotti Exposé sur le déséquilibre de liaison, basé sur l'article: Morris. Whittaker, Balding: Fine-scale mapping of disease loci via shattered coalescent modeling of genealogies, Ann. J. Hum. Genet., 70, 686-707, 2002.
Mercredi 1er février 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Pierre Pontarotti Exposé sur le Chapitre 7 de Hein et al., Déséquilibre de liaison.

Janvier 2006
Mercredi 25 janvier 11h30. Saint-Charles, salle CH57.	Etienne Pardoux Chapitre 6 du livre de Hein et al.
Mercredi 18 janvier 11h30. Saint-Charles, salle CH57.	Etienne Pardoux Chapitre 6 du livre de Hein et al.
Mercredi 11 janvier 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	J.B. Angelleli Chapitre 5 du livre de Hein et al.
Mercredi 4 janvier 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	J.B. Angelleli Chapitre 5 du livre de Hein et al.

Décembre
Mercredi 21 décembre 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Simona Grusea Chapitre 4 du livre de Hein et al.
Mercredi 14 décembre 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Simona Grusea Chapitre 4 du livre de Hein et al.
Mercredi 7 décembre 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Gilles Didier Chapitre 3 du livre de Hein et al.

Novembre
Mercredi 30 novembre 11h00. Saint-Charles, salle CH57.	Gilles Didier Chapitre 3 du livre de Hein et al.
Mercredi 23 novembre 13h30. Saint-Charles, salle CH57.	Etienne Pardoux Court exposé sur l'estimation du taux de mutation, liée à la formule d'Ewens, basé sur le cours de Tavaré à Saint-Flour. Julien Berestycki 1ère partie du Chapitre 3 du livre de Hein et al.
Mercredi 16 novembre 11h00- Saint-Charles, salle CH56.	Elisabeth Rémy Suite de l'exposé du mercredi 9 novembre.
Mercredi 9 novembre 11h00- Saint-Charles, salle CH56.	Elisabeth Rémy Chapitre 2 du livre de Hein et al.
Mercredi 2 novembre 11h00- Saint-Charles, salle CH56.	Gilles Didier Chapitre 1 du livre de Hein et al.

Octobre
Mercredi 19 octobre 11h00- Saint-Charles, salle CH56.	Simona Grusea Deuxième partie de l'exposé sur le chapitre 17 du Nielsen. Simona Grusea présentera les tests liés à l'étude de l'erreur dans la reconstruction d'arbres pohylogénétiques.
Mercredi 12 octobre 14h00- Saint-Charles, salle CH57.	Simona Grusea Chapitre 17 du Nielsen.
Mercredi 5 octobre 11h00- Saint-Charles, Salle de séminaire du 3ème étage, bâtiment de Sci. Naturelles	Etienne Pardoux et Pierre Pontarotti Chapitre 13 du Nielsen.

Juillet
Mercredi 6 juillet 11h00- Bâtiment de Sciences Naturelles Salle de réunion 3ème étage	Belinda Chang (Université de Toronto, Canada) Reconstructing ancestral visual pigments in the laboratory.

Juin
Jeudi 30 juin 11h00- Salle CH56	Virginie Lopez Recherche de synténies conservées .
Jeudi 23 juin 11h00- Salle CH56	Simona Grusea Test statistique pour les synténies conservées.
Jeudi 16 juin 11h00- Salle CH56	Chapitre 8 de Nielsen.
Jeudi 9 juin 11h00- Salle CH56	Julien Berestycki Bayesian analysis of molecular evolution using MrBAYES.
Jeudi 2 juin 11h00- Salle CH56	Etienne Pardoux Chapitre 5.

Mai
Jeudi 26 mai ATTENTION HORAIRE INHABITUEL 9h00- Salle CH56	Gilles Didier Chapitre 14.
Jeudi 19 mai 11h00- Salle CH56	Pierre Pontarotti Retour sur le chapitre 9 (Markov Models of Protein Sequence Evolution) du point de vue d'un biologiste.
Jeudi 12 mai 11h00- Salle CH56	Etienne Pardoux Exposé (fin) sur le chapitre II du Nielsen (Genome rearrangement, de R. Durrett).
Mercredi 4 mai 11h00- Salle CH56	Vlada Limic (Candidate CR au LATP) Some qualitative and quantitative properties of the NK fitness landscape abstract

Avril
Mercredi 27 avril 10h30-11h30 Salle CH55	Elisabeth Rémy (IML, Luminy) Models of protein and microsatellite evolution d'après les chapitres 9 et 10 de "Statistical Methods in Molecular Evolution", R. Nielsen Ed.
Jeudi 7 avril 11h-12h Salle CH-55	Etienne Pardoux (LATP, Château-Gombert) Genome Rearrangement d'après le chapitre 11 de "Statistical Methods in Molecular Evolution",R. Nielsen Ed.
Mars
Mercredi 30 mars 11h-12h Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Gilles Didier(IML, Luminy) Phylogenetic Hidden Markov Models, d'après le chapitre 12 de "Statistical Methods in Molecular Evolution", R. Nielsen Ed.
Mercredi 23 mars 11h-12h Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Manuela Royer (ISFA, Lyon) Population Genetics of Molecular Evolution, d'après le chapitre 4 de "Statistical Methods in Molecular Evolution", R. Nielsen Ed. pdf
Mercredi 16 mars 11h-12h Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Susan Holmes (Statistics and Bio-X, Stanford University) T-cell Type Differentiation and Cancer: using microarrays and phylogenies. Abstract Invitée par E. Pardoux (LATP)/P. Pontarotti (EGEE)
Mercredi 9 mars 11h-12h Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Pierre Pontarotti (Phylogenomics Laboratory) T-cell Evolution concepts for mathematicians. PPT presentation, pdf presentation
Mercredi 2 mars 11h-12h Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Etienne Pardoux (LATP, Château-Gombert) Modèles markoviens d'évolution et phylogénie 2, d'après le chapitre 2 et 3 de "Statistical Methods in Molecular Evolution", R. Nielsen Ed. pdf
Février
Mercredi 23 février 11h- Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Etienne Pardoux (LATP, Château-Gombert) Modèles markoviens d'évolution et phylogénie 1. d'après le chapitre 1 de "Statistical Methods in Molecular Evolution", R. Nielsen Ed. pdf
Mercredi 9 février 11h- Salle de Conférences Bâtiment de Sciences Naturelles	Gilles Didier Institut de Mathématiques de Luminy) Modèles d'évolution de séquences avec dépendances de voisinage. Abstract Invité par E. Pardoux (LATP)/P. Pontarotti (EGEE)